Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Nomor 275 tanggal 3 Desember 1965 tentang pembukaan (pendirian) Fakultas Peternakan Universitas Negeri Jenderal Soedirman, maka di Purwokerto pada tanggal 10 Februari 1966 dilakukan serah terima Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan Universitas Islam Indonesia (FKHP-UII) Yogyakarta Cabang Purwokerto kepada Universitas Negeri Jenderal Soedirman Purwokerto, yang masing-masing diwakili oleh Drs. Djarwoto Aminoto (Kuasa Dekan II FKHP-UII) dan Drh. R. Djanuar Pjs. Dekan Fakultas Peternakan Unsoed Purwokerto. Dengan demikian secara resmi tanggal 10 Februari 1966 dianggap atau dinyatakan sebagai hari kelahiran Fakultas Peternakan Universitas Negeri Jenderal Soedirman Purwokerto.

Pada awal berdirinya Fakultas Peternakan Unsoed, jumlah peminat (calon mahasiswa) masih sangat sedikit, tetapi kini sebaliknya bahkan terpaksa banyak yang ditolak karena terbatasnya daya tampung. Pada awal berdirinya lembaga Pendidikan Tinggi ini, dibina oleh Institut Pertanian Bogor (IPB) dan Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta. Bentuk binaan tersebut antara lain berupa : afiliasi penyelesaian studi S1, bantuan tenaga pengajar, sarana dan prasarana pendidikan, kegiatan purna sarjana (penataran, kursus singkat dan pencangkokan), penelitian bersama serta pendidikan Program Pascasarjana. Bantuan tenaga pengajar dari IPB dan UGM berhenti sejak pertengahan tahun 1970.

Fakultas Peternakan UNSOED diresmikan pendiriannya pada 10 Pebruari 1966 dengan fokus pada pengembangan sumberdaya peternakan dan kearifan lokal secara berkelanjutan, melalui penguasaan sains produksi, nutrisi dan pakan, sosial ekonomi serta teknologi peternakan.  Seiring dengan kebutuhan masyarakat akan tenaga trampil (siap pakai) maka pada tahun 1982 Fakultas Peternakan Unsoed membuka program Diploma Produksi Ternak Unggas dan Perah (DIII-PTUP) yang pada tahun 1999 berubah menjadi Program Studi Diploma Tiga Budidaya Ternak. Fakultas Peternakan menyelenggarakan empat program studi yaitu:

1. Program Diploma Tiga (D3) Program Studi Budi Daya Ternak;
2. Program Sarjana  (S1) Program Studi Peternakan;
3. Program Studi Magister (S2) Program Studi Peternakan;
4. Program Studi Doktor (S3) Program Studi Peternakan.

Fakultas Peternakan UNSOED berkomitmen mencetak Ahli Madya, Sarjana, Magister, dan Doktor Peternakan yang handal dan mandiri yang mampu menciptakan dan mendapatkan pekerjaan dibidang peternakan, serta membantu dalam menggapai harapan untuk mewujudkan masa depan yang gemilang.